La patogenia investiga el desarrollo de una enfermedad y la cadena de eventos asociados a ella, que paso a paso determinan los cambios morfofuncionales de las células y tejidos pertenecientes a los órganos afectados. Estas alteraciones pueden ser provocadas por agentes químicos, físicos o biológicos (virus, bacterias, etc.).
Por tanto, podríamos definir patogénesis como el mecanismo por el cual un agente etiológico (agente causal, por ejemplo, una bacteria o una radiación) determina la enfermedad. No es casualidad que el término patogénesis derive de la unión de las palabras griegas patetismo, "enfermedad", e génesis, "creación".
Mientras que la etiología define las causas, la patogenia estudia las consecuencias.
En la lectura de textos médicos podemos encontrarnos, por tanto, con términos como: patogenia microbiana, patogenia inflamatoria, patogenia viral, patogenia maligna (tendencia de una enfermedad, generalmente un tumor, a empeorar progresivamente hasta volverse potencialmente letal). Muchas enfermedades reconocen diferentes factores causales (etiología multifactorial) y aún más numerosas son las caracterizadas por diferentes mecanismos evolutivos (patogénesis múltiple).