El pH de las heces es normalmente neutro o ligeramente alcalino (6,8 - 7,5). Las deposiciones más ácidas, fisiológicas solo en el recién nacido, pueden indicar infecciones intestinales (Escherichia coli, Rotavirus) o trastornos digestivos, como intolerancia a la lactosa o grasas (esteatorrea por insuficiencia pancreática o estasis biliar).
El pH de las heces está influenciado por los hábitos dietéticos del sujeto; por ejemplo, las dietas excesivamente ricas en carnes y productos lácteos hacen que las heces sean más alcalinas. La flora bacteriana intestinal putrefacta, de hecho, destruye los aminoácidos que han escapado a la absorción, generando aminas tóxicas y malolientes, por lo que el pH de las heces tiende a aumentar como consecuencia del aumento de la producción de amoniaco. Por lo tanto, no es una coincidencia que un pH fecal demasiado alcalino, acompañado de una reducción de los ácidos grasos de cadena corta (ver butirato), se haya relacionado con un mayor riesgo de cánceres colorrectales.
Si el pH de las heces tiende a aumentar en presencia de disbiosis putrefactiva, tiende a disminuir en presencia de disbiosis fermentativa, cuyas causas se encuentran en la ingesta excesiva de carbohidratos o en una mala absorción de los mismos ( enfermedad celíaca). Incluso en presencia de una "ingesta abundante de lípidos, en dietas vegetarianas y en ayunos prolongados, el pH de las heces se vuelve ácido".
Para evitar distorsionar los resultados de la prueba, las heces no deben estar contaminadas con orina y deben refrigerarse rápidamente para evitar que el amoníaco urinario y las bacterias putrefactoras hagan que el pH fecal sea alcalino.