La farmacopea oficial contiene métodos generales de evaluación química y biológica. Sin embargo, la farmacognosia también emplea métodos mucho más sofisticados, como los espectroscópicos y cromatográficos.
La evaluación de la calidad de los medicamentos desde el punto de vista químico proporciona un fuerte análisis en profundidad, propio de la capacidad analítica de los instrumentos utilizados; es decir, un fármaco se evalúa en función de la cantidad y calidad de los principios activos que contiene, que son determinantes de forma analíticamente precisa gracias a unos instrumentos cromatográficos de extrema precisión. Entre estas técnicas cromatográficas encontramos: cromatografía de gases, masa de gases, HPLC (cromatografía líquida en columna), cromatografía de intercambio iónico y cromatografía en placa (TLC, HPTLC). Son métodos que utilizan el principio cromatográfico en la evaluación de la cantidad cualitativa de la sustancia química. sustancias presentes en un fitocomplejo Por lo tanto, estos instrumentos nos permiten evaluar el fármaco como un fitocomplejo, la cantidad y calidad de las clases químicas individuales, su proporción y la cantidad del principio activo caracterizante.
Para evaluar el fitocomplejo es importante adoptar las estrategias más adecuadas para su extracción, pues no existe un método analítico que no haya sido precedido por una "extracción". Las extracciones son necesarias para que el técnico-farmacólogo evalúe el fármaco o, eventualmente, para obtener elementos de "uso de ese medicamento, que se pueden colocar directamente en la industria de procesamiento terciario". Los métodos extractivos permiten obtener aquellas categorías de principios activos que se consideran importantes en la clasificación cualitativa del fármaco, o extraer selectivamente una o más categorías que se consideran expresión de su actividad.
Los ingredientes activos son generalmente moléculas de glucósidos, alcaloides, terpenos, antraquinonas; todos los metabolitos secundarios que son expresión de la biología relacional del organismo; sin embargo, también existen moléculas derivadas del metabolismo primario de interés para la salud, como los carbohidratos (almidón y sus derivados, celulosa y sus derivados), proteínas y en particular enzimas proteolíticas ( papaína o bromelina).
Antes de proceder con una "extracción de principios activos de un fármaco, es necesario considerar la caracterización químico-física del fármaco"; es decir, antes de extraer un principio activo es necesario conocer bien su naturaleza química en términos de polaridad, pues el proceso de extracción se reduce esencialmente a la asociación de un solvente adecuado al fármaco. Este solvente, siendo químicamente similar al principio para ser extraído, lo elimina selectivamente del fitocomplejo restante, cuanto más se acentúa esta afinidad química, mejor se llevará a cabo la extracción ("como se disuelve como"). Por tanto, es fundamental conocer, desde el punto de vista fitoquímico, el principio a extraer, para poder asociarle el disolvente o mezcla de disolventes más similar.
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